В эти годы Митрофан познакомился со старцем — иеросхимонахом Стефаном (Куртеевым). Именно в это время молодой человек принимает окончательное решение принять монашество и всецело послужить Богу. Но духовный наставник просил не торопиться: «Научись сердечной умной молитве, рассудительности, покорности воле Божией. Не понимай свое «я» за призыв Божий. Молись, смиряйся, и Господь подскажет тебе, как поступить». Митрофан следовал советам своего наставника и старался большую часть времени проводить в молитве. В лавке он везде повесил листочки с Иисусовой молитвой, что бы куда ни упал взгляд, всегда он мог помнить о ней.

На Успение Пресвятой Богородицы в 1890 году преподобный Стефан отошел ко Господу, а спустя месяц после его блаженной кончины, состоялось главное событие, ради которого преподобный жил – открытие Филейского Александро-Невского монастыря. В 1891 году Митрофан твердо решил отойти от мирских забот. Он был принят послушником в новый Филейский монастырь. В годовщину блаженной кончины своего духовника, послушник Митрофан был пострижен с именем Матфей, в честь преподобного Матфея Киево-Печерского.

Уже в ноябре 1891 года он был рукоположен в иеродиакона, а 5 апреля 1897 года — в иеромонаха. Свои послушания о. Матфей нес с терпением и смирением, уповая на милость Божию и помня завет праведного старца Стефана: «Терпением только можно постигнуть мира духовного, войти в пристанище вечного упокоения». О. Матфей искал единственно: живого богослужения, которое приобретается молитвой при полном внешнем безмолвии.

В Филейском Александро-Невском монастыре о. Матфей пробыл 10 лет. В 1899 году недалеко от Яранска, в имении покойной купчихи Анны Дмитриевны Беляевой, был заложен Свято-Пророчицкий монастырь. Его строителем и настоятелем был назначен иеромонах Нил, человек богоугодной жизни, оставивший о себе впоследствии добрую память. В помощь ему и был отправлен иеромонах Матфей. В 1902 году отец Нил умер. Новому настоятелю, иеромонаху Пахомию (Кедрову), о. Матфей задолго предсказал получение святительского сана и вместе с этим многие скорби и горести. Отца Пахомия в должности настоятеля сменил постриженник Филейской обители игумен Геннадий. Он уважал мнение старца Матфея и без его совета не предпринимал ничего, касающегося обители. И именно как духовник и благочинный, имевший уже солидный опыт монашеской жизни, о. Матфей определял всю внутреннюю жизнь обители. Старец считал своей главной задачей указать каждому путь ко спасению во Христе. Он был убежден, что первопричина всех расстройств человека крылась в нарушении им заповедей Христовых, и в качестве исцеления предлагал чистосердечное покаяние в грехах и причащение Святых Христовых Таин.

Стремление жить страннически, достигая внутреннего монашества вниманием к себе и молчанием, наложило отпечаток на его поведение. Он постоянно тяготел к уединению, был молчалив, ходил, опустив голову, погруженный в молитву. Никогда не допускал пустых разговоров. Любопытство считал одним из самых тяжких грехов. В употреблении пищи о. Матфей соблюдал крайнее воздержание, принимая ее только для того, чтобы поддержать силы.

В последние годы его часто беспокоили сильные боли в желудке. Со временем обитель возрастала, в 1917 году там подвизались 31 монах и 45 послушников. Казалось, ничто в тихой провинции не предвещало бури, но старец предсказывал: «Грядет скорбь великая, но через нее очистится народ, переродится. На крови мучеников возрастет древо святости, от которого будут питаться многие и насытятся».

Октябрьский переворот положил начало невиданному в истории гонению на Православную Церковь. В 1921 году закрыли Пророчицкий монастырь, с его территории выгнали всех монахов, и старец был вынужден переселиться сначала на монастырскую пасеку, а потом в деревню Ершово. В это время к батюшке Матфею приходило множество людей, чтобы узнать истину и утвердиться в ней. Так, весной 1925 года к старцу пришел епископ Нектарий (Трезвинский), только что назначенный Святейшим Патриархом на Яранскую кафедру. Отец Матфей смиренно открыл дверь, взял благословение и, пока Владыка молился перед иконами, вдруг запел: «Мученицы Твои, Господи, во страданиих своих венцы прията нетленныя от Тебе Бога нашего…».

Так скоро и точно преподобный дал ответ святителю на все приготовленные им по пути вопросы. Действительно, Владыке было суждено пройти весь ужас сталинских лагерей и погибнуть в сентябре 1937 года.

В народе ширилась молва о даре прозорливости и исцелений батюшки. За советом и помощью к нему шли жители разных губерний: Нижегородской, Костромской, Пермской, из Удмуртии, Татарии и других мест. Сохранилось множество свидетельств о чудесах, совершенных старцем.

Преподобный Матфей мирно скончался 16 (29) мая 1927 года. Сохранились свидетельства его духовных чад, что перед самой кончиной, старец трижды пропел тропарь Пасхи. Его похороны превратились в многолюдный крестный ход, а могила стала местом благочестивого паломничества тысяч людей даже в самые страшные годы гонений безбожной власти.

27 ноября 1997 года состоялась канонизация отца Матфея в лике местночтимых святых Вятской епархии.

21 августа 2015 года были обретены мощи преподобного Матфея, которые пребывают ныне в Троицком соборе г. Яранска.

Свой дар прозорливости и исцеления, дарованный ему Господом, отец Матфей начал проявлять еще при жизни, не остановился этот поток и после смерти – люди идут на его могилу, молятся, получают исцеления. В настоящее время документально уже зафиксировано 30 исцелений.